জন্মগত সাইটোমেগালোভাইরাস সংক্রমণের ক্ষেত্রে, ভ্রূণের ক্ষতির প্রকৃতি সংক্রমণের সময়ের উপর নির্ভর করে। গর্ভাবস্থার প্রথম 20 সপ্তাহে মায়ের তীব্র সাইটোমেগালোভাইরাস সংক্রমণের ফলে ভ্রূণের গুরুতর রোগবিদ্যা দেখা দিতে পারে, যার ফলে স্বতঃস্ফূর্ত গর্ভপাত, ভ্রূণের অন্তঃসত্ত্বা মৃত্যু, মৃতপ্রসব, ত্রুটি দেখা দিতে পারে, বেশিরভাগ ক্ষেত্রে জীবনের সাথে বেমানান। গর্ভাবস্থার শেষ পর্যায়ে সাইটোমেগালোভাইরাস সংক্রমণের ক্ষেত্রে, শিশুর জীবন এবং স্বাভাবিক বিকাশের পূর্বাভাস আরও অনুকূল।
