নিউমোসিস্টোসিস রোগ নির্ণয় নিশ্চিত করার জন্য রোগজীবাণু সনাক্তকরণ অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ। গবেষণার প্রধান উপাদান হল থুতনি, ব্রঙ্কিয়াল নিঃসরণ, ব্রঙ্কিয়াল ল্যাভেজ বা ব্রঙ্কোঅ্যালভিওলার ল্যাভেজের সময় প্রাপ্ত ধোয়া, ট্রান্সব্রোঙ্কিয়াল, পারকিউটেনিয়াস বা ওপেন বায়োপসির সময় নেওয়া ফুসফুসের টিস্যুর টুকরো। প্রায়শই, রোগীর গুরুতর অবস্থার কারণে, জটিলতা এড়াতে এই হেরফেরগুলি করা হয় না।
