খাদ্য অ্যালার্জির চিকিৎসার ভিত্তি হলো ডায়েট থেরাপি। খাদ্য অ্যালার্জিযুক্ত শিশুদের জন্য হাইপোঅ্যালার্জেনিক ডায়েট অনুসরণ করে মায়ের সাথে বুকের দুধ খাওয়ানো সর্বোত্তম। যদি মায়ের দুধ না থাকে এবং গরুর দুধে অ্যালার্জি থাকে, তাহলে সয়া ফর্মুলা ব্যবহার করা হয় (আলসোয়, বোনাসোয়া, ফ্রিসোসয়, ইত্যাদি)। সয়া অসহিষ্ণুতার ক্ষেত্রে, উচ্চ প্রোটিন হাইড্রোলাইসিস (আলফেয়ার, অ্যালিমেন্টাম, পেপ্টি-জুনিয়র, ইত্যাদি) এবং দুধ প্রোটিনের আংশিক হাইড্রোলাইসিস (হুমানা, ফ্রিসোপেপ) এর উপর ভিত্তি করে ফর্মুলা ব্যবহার করা হয়।
